با توجه به این که هواپیماهای اف 14 در بعضی از مواقع تا 12 ساعت پرواز ممتد در شب داشتند، نیاز به سوختگیری هوایی در شب امری اجتنابناپذیر بود که وی به عنوان اولین کسی که این کار را کرده بود، به خلبانان دیگر آموزش های لازم را میداد.
بابایی در نهم آذر سال 1362 ضمن ارتقاء درجه به سرهنگ تمامی، به عنوان معاونت عملیات فرماندهی نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی منصوب و به تهران منتقل شد ولی هیچگاه پشت میزنشین نشد.
در این زمان بابایی به همراه شهید اردستانی در قرارگاهی به نام "رعد " اقدام به تشکیل گردانی با عنوان "گردان کربلا " کردند و با جمع کردن تعدادی از خلبانان در این گردان، عملیاتهای خطرناک را داوطلبانه انجام میدادند.